戰(zhàn)略方向司令部的組建，可使各軍兵種和軍事集群在戰(zhàn)役-戰(zhàn)略層次上的戰(zhàn)場協(xié)同更為緊密，指揮員能夠在更廣闊的戰(zhàn)場空間和總體上把握戰(zhàn)區(qū)局勢，做出正確指揮決策。
蘇軍組建戰(zhàn)略方向司令部時曾擔(dān)心總參謀部、軍兵種司令部和軍區(qū)之間實行協(xié)同指揮會使軍事指揮體系更為復(fù)雜，實際運行狀況正是這樣。另外，軍區(qū)的作戰(zhàn)指揮權(quán)移交給戰(zhàn)略方向司令部，遭到了軍區(qū)所屬相關(guān)人員的強(qiáng)烈抵觸。直至蘇聯(lián)解體，戰(zhàn)略方向司令部的職責(zé)關(guān)系一直沒有理清，同時也未被授予過指揮全權(quán)。最終，蘇軍總參謀部中止了戰(zhàn)略方向司令部的運行。
第二階段是成立地區(qū)司令部和職能司令部階段。俄軍的第一次車臣戰(zhàn)爭失利，第二次車臣戰(zhàn)爭慘勝，與美軍在海灣戰(zhàn)爭、科索沃戰(zhàn)爭的輕松取勝形成了鮮明對比，促使俄軍啟動了新一輪軍事指揮體制改革。
俄軍初始改革方案是賦予軍區(qū)司令部以戰(zhàn)役-戰(zhàn)略司令部的職能，組建聯(lián)合軍事指揮機(jī)構(gòu)，但未能成功，主要原因是當(dāng)時沒有對總參謀部進(jìn)行改革，軍區(qū)司令部得不到指揮權(quán)限。
2004年，俄軍解除了總參謀部的大部分軍事行政職能，只保留判斷軍事威脅、研究武裝力量使用、制定戰(zhàn)略與作戰(zhàn)計劃、組織軍事演習(xí)等與作戰(zhàn)有關(guān)的職能，將作戰(zhàn)指揮權(quán)下放，由國防部長對武裝力量實現(xiàn)“一長制”領(lǐng)導(dǎo)。
2005年，俄軍按地區(qū)和職能籌建作戰(zhàn)司令部，將軍兵種司令部、軍區(qū)和海軍艦隊的作戰(zhàn)指揮權(quán)移交給地區(qū)司令部和職能司令部。軍兵種司令部只負(fù)責(zé)管理、裝備和訓(xùn)練，軍區(qū)和海軍艦隊只承擔(dān)預(yù)備役訓(xùn)練、動員與物資準(zhǔn)備、領(lǐng)土防御與戰(zhàn)場建設(shè)等任務(wù)。
地區(qū)司令部平時就擁有對軍區(qū)轄區(qū)內(nèi)各軍兵種部隊的指揮權(quán)，戰(zhàn)時無需調(diào)整就可以指揮本戰(zhàn)略方向上的作戰(zhàn)行動。此前，軍區(qū)雖然具有地區(qū)司令部的大部分職能，但仍承擔(dān)著過多的軍事行政職能，且只對轄區(qū)內(nèi)的陸軍部隊擁有作戰(zhàn)指揮權(quán)，若要指揮其他軍兵種部隊，仍須通過軍兵種司令部和總參謀部協(xié)調(diào)。
這樣，最終將形成“總統(tǒng)-國防部長（通過總參謀部）-作戰(zhàn)司令部”的作戰(zhàn)指揮體制以及“總統(tǒng)-國防部長-軍兵種司令部”的行政管理體制，真正做到軍令軍政分開。
職能司令部包括戰(zhàn)略核力量、空天防御、機(jī)動力量和戰(zhàn)略投送司令部等。地區(qū)司令部包括西部、南部和東部等3個。
俄國防部首先就東部地區(qū)司令部進(jìn)行試點，相繼舉行了“貝加爾-2006”、“東方-2007”、“地區(qū)-2007”、“阿穆爾”等大規(guī)模聯(lián)合軍事演習(xí)，檢驗和評估從軍區(qū)制向跨軍兵種聯(lián)合司令部指揮體制轉(zhuǎn)變的效果和可行性。
演習(xí)表明，不對國防部和軍兵種司令部進(jìn)行配套改革，在頂層實行真正的軍政軍令分開，跨軍兵種聯(lián)合司令部指揮體制難以有效運行。此外，地區(qū)司令部是疊加在軍區(qū)之上的重復(fù)指揮機(jī)構(gòu)，存在職責(zé)不清等問題。另外，作戰(zhàn)指揮權(quán)集中于地區(qū)司令部和職能司令部，自然遭到失去作戰(zhàn)指揮權(quán)的軍兵種部隊的強(qiáng)烈抵制。2009年，地區(qū)司令部運行中止。
第三階段是探索成立聯(lián)合戰(zhàn)略司令部階段。實際上，新4大軍區(qū)組建前的原6大軍區(qū)就扮演著地區(qū)司令部的角色，具有對轄區(qū)內(nèi)各軍兵種部隊組成的聯(lián)合部隊實施統(tǒng)一指揮的職能。至于使用“地區(qū)司令部”還是“軍區(qū)”的名稱問題，俄軍則認(rèn)為并不十分重要，最重要的是，最高統(tǒng)帥部和軍區(qū)之間不要出現(xiàn)中間指揮環(huán)節(jié)，且必須確保軍區(qū)對各軍兵種部隊的直接指揮。
2009年，俄軍舉行了“秋季-2009”大規(guī)模軍事演習(xí)。演習(xí)表明，軍區(qū)制對俄羅斯西部和南部地區(qū)的戰(zhàn)略任務(wù)要求有不相適應(yīng)之處。俄羅斯決心對軍區(qū)轄區(qū)進(jìn)行調(diào)整，按戰(zhàn)略方向組建目前的4大軍區(qū)及聯(lián)合戰(zhàn)略司令部，這是俄羅斯對新的地緣戰(zhàn)略態(tài)勢、新對手、新威脅有了新認(rèn)識的結(jié)果，與《2009～2011年俄羅斯軍事改革規(guī)劃》和《2020年前俄羅斯聯(lián)邦國家安全戰(zhàn)略》中闡述的總體國家安全構(gòu)想保持一致。